New York artık hatırladığımız yer değildir. Sokaklarında suç hüküm sürüyor ve sonuç olarak bütün duvarları dikenli tellerle çevrilidir. Bu hayalet kent artık bir Amerikan karantina hapishanesidir. Amerikan başkanının uçağı olan Air Force One ise teröristler tarafından kaçırılmıştır. Bu arada, Başkan bir kaçış kapsülü kullanır ve New York'ta düşer. Başkan bir şekilde bu kaos halindeki şehirden kurtarılmalıdır.Onu kurtaracak olan kişide eskiden bir asker olan Snake Pliskin'dir. Pliskin, özgür olmak için bu anlaşmayı kabul etmelidir.